Η Μητρόπολη της Ερμούπολης, η πρώτη εκκλησία του νέου οικισμού. Η ανέγερσή της άρχισε το 1824 και αφιερώθηκε στον Σωτήρα Χριστό, σε ένδειξη ευγνωμοσύνης για τη διάσωση των προσφύγων.
Ο ναός ολοκληρώθηκε το 1831, με χρήματα από εράνους, και έχει σχήμα τρίκλιτης βασιλικής.
To όνομα του αρχιτέκτονα δεν είναι γνωστό, ακολουθεί όμως το πρότυπο της Παναγίας της Τήνου, που θεμελιώθηκε το 1823 και ήταν έργο του Ευστράτιου Σμυρναίου.
Βάσιμα επομένως οι Ι. Τραυλός - Α. Κόκκου έχουν υποθέσει ότι η Μεταμόρφωση σχεδιάστηκε από τον ίδιο αρχιτέκτονα, που ίσως ήταν πρόσφυγας από τη Σμύρνη.
Η εκκλησία έχει οικοδομηθεί σε λιθόκτιστο υπερυψωμένο περίβολο, με κιγκλίδωμα στα νότια και ανατολικά, ενώ τη δυτική πλευρά κλείνει διώροφη οικοδομή με μνημειακή στοά που διαμορφώνει την είσοδο από την οδό Ομήρου. Από τις δύο ευρύχωρες βοτσαλωτές αυλές, η ανατολική ήταν συχνά χώρος συγκεντρώσεων εδώ το 1826 η πόλη των προσφύγων πήρε το όνομά της. Η δυτική αυλή χρησιμοποιήθηκε στα 1824 -1834 για την ταφή των νεκρών. Το διώροφο κτίριο στα δυτικά, με τη μνημειακή είσοδο, τη λαξευτή τοιχοδομία, τις στοές με τα μεγάλα τοξωτά ανοίγματα, είχε κελιά για τους ιερείς, τους νεωκόρους αλλά και «τους πένητες». Χρησιμοποιήθηκε και ως νοσοκομείο και σήμερα στεγάζει γραφεία και άλλες ανάγκες του ναού.
Από αλλεπάλληλες επισκευές και επεμβάσεις έχει αλλοιωθεί η αρχική μορφή της εκκλησίας, που έφερε ανοιχτή στοά στη δυτική πλευρά, όπου ήταν και η κύρια είσοδος. Το 1917 η στοά κλείστηκε και μόνον η εντοιχισμένη αφιερωματική επιγραφή υποδεικνύει τη θέση της παλαιάς εισόδου.
Τον ίδιο χρόνο κλείστηκε με ξύλινη κατασκευή το πρόπυλο στη νότια πλευρά (σημερινή είσοδος): το 1923 προστέθηκε στη βόρεια πλευρά το παρεκκλήσιο του Αγ. Φανουρίου και επιχρίστηκε η τοιχοδομία.
Πολλά στοιχεία της Μεταμόρφωσης μαρτυρούν τις ιδιαίτερες δυσκολίες της οικοδόμησής της, όπως και τη συμβολική σημασία με την οποία επενδύθηκε. Για παράδειγμα, οι πρώτες κολόνες των τοξοστοιχιών, κρυμμένες από το τέμπλο, είναι δύο ακατέργαστοι κίονες που μεταφέρθηκαν από τα ερείπια της Δήλου. Ακόμη, στο καμπαναριό διετηρείτο ως το 1870 μια μεγάλη καμπάνα, που ανήκε στον Αγ. Νικόλαο των Ψαρών και το 1824 πουλήθηκε ως λάφυρο στην Ερμούπολη. Τέλος, όταν το 1858 χτίστηκε, στη βόρεια γωνία των κελιών, το βαπτιστήριο από τον επίσκοπο Δανιήλ, τοποθετήθηκε εκεί η βάση του ανδριάντα του Αδριανού και λαξεύτηκε για να γίνει κολυμπήθρα. Σήμερα έχει αποθηκευτεί και δεν είναι επισκέψιμη.
Σε μια κρύπτη της δυτικής αυλής ενταφιάστηκε ο δάσκαλος του γένους Άνθιμος Γαζής, που πέθανε στην Ερμούπολη το 1828. Μαρμάρινη πλάκα του 1930 στον εξωτερικό (νότιο) τοίχο υποδεικνύει το σημείο, που δεν είναι πια προσιτό.
Όλος σχεδόν ο περίβολος της Μεταμόρφωσης είναι στρωμένος με Θαλάσσια βότσαλα «κοχλάκια» τα έλεγαν) που έφεραν από τη Ρόδο -η χρήση τους εντοπίζεται και σε άλλα σημεία της πόλης. Η επίστρωση άρχισε επί δημαρχίας Αργ. Ταρποχτζή (1846 - 1848) με σχέδια του Ερλάχερ, φαίνεται όμως ότι ολοκληρώθηκε αργότερα, καθώς τα βοτσαλωτά φέρουν τις χρονολογίες 1859 και 1862, ενώ η δυτική αυλή στρώθηκε το 1860.
Στην ανατολική αυλή υπάρχουν οι προτομές των μητροπολιτών Σύρου Α. Λυκούργου, Α. Λεβεντόπουλου και Φ. Ιωαννίδη, έργα του Σ. Φιλιππότη (1978), και προ της εισόδου η προτομή του Συριανού μητροπολίτη Ηλείας Α.Ν. Πολίτη, αγωνιστή της Εθν. Αντίστασης.
Όπως φαίνεται από επιγραφή, το νότιο καμπαναριό της εκκλησίας ανοικοδομήθηκε το 1915, χάρη σε κληροδότημα του Θεμιστοκλή Ζ. Πετροκοκκίνου, και ανακαινίστηκε στα 1986-87. Φορτωμένο από την ιστορία, ένα σωστό μουσείο, είναι και το εσωτερικό της Μητρόπολης, με αξιοπρόσεχτα αρχιτεκτονικά στοιχεία. Όλα τα στοιχεία αυτά, όπως και τα εκκλησιαστικά έπιπλα και οι πολλές παλαιές εικόνες, είναι λαμπρά δείγματα ξυλογλυπτικής και αγιογραφίας του 19ου αι.